※ほぼ入手順
| 隠しキャラ | |
| キャラ名 | 入手時期、方法、条件など |
| 自来也 | 木ノ葉崩し編で入手 対戦場所…木ノ葉温泉 ナルトvs自来也(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する |
| 三代目火影 | 木ノ葉崩し編で入手 対戦場所…物見やぐら 三代目vs大蛇丸(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・奥義レベル参で止めを刺す |
| 綱手 | 綱手編で入手 対戦場所…短冊街 シズネvs綱手(COM) クリア条件… 壱・タイムアップまで闘う 弐・相手のライフが継続回復状態で 参・相手の攻撃力が高い状態で |
| 封印大蛇丸 | 綱手編で入手 対戦場所…短冊街のはずれ 自来也vs封印大蛇丸(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する |
| シズネ | 綱手編クリア後入手 |
| 宗家ヒナタ | 綱手編クリア後から～ ①リーの「木ノ葉烈風」といのの「１６連コンボ」を習得後に 試合会場前にいる日向ヒアシと会話し依頼を受ける ②演習場でのヒナタとの会話後、試験会場へ ③試験会場でヒナタ（プレイヤーキャラ）でネジを倒すと使用可能 になる 対戦場所…試験会場 ヒナタvsネジ(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・相手のチャクラが０の時に止め 参・相手の攻撃がチャクラを削る状態で 四・チャクラをレベル参残す |
| 蒼い魔獣 | 綱手編クリア後から～ ①「ダイナミックエントリー」習得後に一楽にいるガイと会話する ②短冊街でマイトスーツ購入 ③一楽にいるガイに話しかける ④秘密の特訓場所（短冊街はずれ）へ行き、ポージング特訓！と 対戦に勝つと使用可能 対戦場所…短冊街はずれ ナルトvsガイ(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・３回以上変わり身の術をする 参・防御力の低い状態で 四・相手の攻撃力の高い状態で |
| カブト | 外導ノ印・前編で入手 対戦場所…桔梗城天守閣 ガイvsカブト(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・相手のライフが継続回復状態（体↑）で |
| 白 | 外導ノ印・後編で入手 対戦場所…演習場 サスケvs白(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・相手の速度が速い状態で |
| 再不斬 | 外導ノ印・後編で入手 対戦場所…物見やぐら 自来也vs再不斬(COM) クリア条件… 壱・闘いに勝利する 弐・相手の攻撃力が高い状態で 参・相手の防御力が高い状態で |
| 大蛇丸 | 外導ノ印・後編クリア後入手 |
| イタチ | 外導ノ印・後編クリア後入手 |
| 鬼鮫 | 外導ノ印・後編クリア後入手 |
| 暗部カカシ | 外導ノ印・後編クリア後入手 |
| 九尾のナルト | 外導ノ印・後編クリア後入手 |
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